Alternativer Identifier:
-
Verwandter Identifier:
-
Ersteller/in:
Wittenburg, Dörte https://orcid.org/0000-0002-3639-2574 [Research Institute for Farm Animal Biology (FBN)]

Qanbari, Saber https://orcid.org/0000-0001-6866-2332 [Research Institute for Farm Animal Biology (FBN)]
Beitragende:
(Researcher)
Schnabel, Robert D. https://orcid.org/0000-0001-5018-7641 [University of Missouri, Division of Animal Sciences]
Titel:
Supplemental data to publication "Evidence of Rare Misassemblies in the Bovine Reference Genome Revealed by Population Genetic Metrics" (Animal Genetics)
Weitere Titel:
-
Beschreibung:
(Abstract) Population genetic metrics help to evaluate the genomic map coordinates of the SNP markers sited on SNP genotyping arrays. A three-step approach combining the recombination and linkage disequilibrium (LD) analyses was applied to the Illumina Bovine SNP50 genotyping array in a large pedigree of Holstein cattle consisting of 367,056 animals distributed in 1,053 half-sib families to investigate if the markers fit into the assigned physical map coordinates. A panel of 65 markers was suggested as misplacement candidates. Results of both recombination and LD analyses for each candidate marker are presented. List of marker names and coordinates within 30 refined problematic regions are supplemented. This data is associated with a publication in Animal Genetics (Qanbari et al. 2022).
Schlagworte:
misplaced SNP, recombination rate, linkage disequilibrium
Zugehörige Informationen:
-
Sprache:
Englisch
Herausgeber/in:
Research Institute for Farm Animal Biology (FBN), Wilhelm-Stahl-Allee 2, 18196 Dummerstorf, Germany
Erstellungsjahr:
Fachgebiet:
Agriculture
Biology
Life Science
Genetics
Objekttyp:
Dataset
Datenquelle:
-
Verwendete Software:
Software für Datenbearbeitung
Software:
R - 4.0.5
PLINK - 1.9
Alternative Software:
-
Datenverarbeitung:
-
Erscheinungsjahr:
Rechteinhaber/in:
Research Institute for Farm Animal Biology (FBN), Wilhelm-Stahl-Allee 2, 18196 Dummerstorf, Germany
Förderung:
Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) - (CLARITY - The construction of a combined physical-genetic map for a breed of dairy cattle in Germany)(031L0166)
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März 2024 33 2
Feb. 2024 39 0
Vorher 453 6
Gesamt 694 8
Status:
Publiziert
Eingestellt von:
wittenburg
Erstellt am:
Archivierungsdatum:
2022-03-31
Archivgröße:
126,4 MB
Archiversteller:
radarfbn
Archiv-Prüfsumme:
d0560bbaf52a4b11cfb4f8681d08a90c (MD5)
Ende des Embargo-Zeitraums:
-